Eu tenho observado esse comportamento por um tempo agora, é bem chato: algumas janelas (especialmente evince, mas outras também) estão abertas cobrindo toda a área de trabalho, e pior, às vezes o tamanho vertical da janela é maior que o tamanho da minha tela de exibição.
Outro problema, mais problemático: tenho 16 espaços de trabalho (gosto de expandir muito :-), e as vezes (emacs trabalhando em um arquivo LaTeX, abro o pdf, por exemplo), a nova janela aparece em um diferente espaço de trabalho ...
Por último, mas não menos importante: recentemente, tive alguns problemas com a janela "print" do evince: é muito grande para o que tem que mostrar, e eu tenho que clicar no ícone na barra de tarefas apenas para ver aparecer.
Eu sei como usar as teclas para mover as janelas e redimensioná-las, mas parece que há algumas informações escritas em algum lugar, para a próxima abertura, e não consigo encontrar onde.
Minha instalação: Debian 9.6, Xfce4, desktop.
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