Depois de alterar a resolução, você precisa:
update-grub
Você também pode desativar o acpi na configuração do grub:
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet splash acpi=off"
Quanto a melhorar o menu do Grub, você pode tentar definir o
GFXMODE="1024x768" or to the best resolution your monitor supports.
Para responder à última pergunta, sim, você pode migrar a pasta pessoal e criptografá-la. Você só precisa editar o fstab para refletir as alterações.