resposta curta: não é possível, libinput codifica os tamanhos dos botões e não há como alternar para expô-los (e nenhum plano para expor alterna para isso também). Os tamanhos dos botões se ajustam com base no tamanho do touchpad, mas eles ficam na altura de 10 mm da borda inferior.
Torná-los maiores tem implicações em muitas outras coisas, porque as zonas dos botões são especiais (por exemplo, elas suprimem a maioria dos movimentos dos ponteiros).