Okular pode ser usado para visualizar, destacar e anotar (com notas adesivas) arquivos pdf e djvu. Após abrir o documento no Okular, pressione F6 (ou tecla Fn + F6). Os controles para destacar, anotar aparecerão (junto com mais algumas ferramentas).
Um pequeno problema: por padrão, essas anotações são armazenadas fora do documento. Então, se você enviar o documento para alguém, ele não poderá ver as anotações / destaques. Mas existem maneiras de resolver esse problema (conforme descrito na página de ajuda oficial do Okular )