O que você está se referindo é o "Focus Model", atualmente o seu é definido como "Mouse Focus". A partir da versão 1.0rc3 o Fluxbox tem as seguintes opções :
- Click To Focus: click to focus windows
- Mouse Focus: window focus follows mouse
- Click Tab Focus: click to focus tabs
- Mouse Tab Focus: tab focus follows mouse
O pacote atual do Fluxbox disponível para o Debian Stretch é a versão 1.3.5-2
Olhando para a documentação , você pode ver que você pode alterar essas opções no menu de configuração, localizado no menu raiz do Fluxbox.
Root Menu → Configuration → Focus Model → Click To Focus [Or whatever option you desire]
Você terá que reiniciar o FluxBox para que esta mudança tenha efeito.