Segurança 101, não use conta root quando puder evitá-la.
Não é recomendado configurar uma conexão SSH como root em seu servidor.
Ainda assim, se você quiser fazer isso, desative a autenticação por senha e criptografe sua chave ssh com uma senha strong.
Você pode proceder exatamente da mesma maneira que faria com um usuário comum, se quiser.