No arquivo /etc/libuser.conf , há duas seções:
[files]
Configures the files module, which manages /etc/group and /etc/passwd. The configuration variables are probably useful only for libuser development.
directory - The directory containing the group and passwd files. Default value is /etc.
nonroot - Allow module initialization when not invoked as the root user if the value is yes.
[shadow]
Configures the files module, which manages /etc/gshadow and /etc/shadow. The configuration variables are probably useful only for libuser development.
directory - The directory containing the gshadow and shadow files. Default value is /etc.
nonroot - Allow module initialization when not invoked as the root user if the value is yes.
Então, para responder à sua pergunta: sim, a localização do arquivo passwd pode ser alterada.
Você também deve estar ciente de que modificar senhas de fora do sistema pode ser complicado se o SELinux estiver ativado.