Tente isso,
Basicamente, no script expect , nesta parte do código:
send "/usr/local/bin/authtool --totp --base32 $(sed -n '/^secret=/s///p' ~/.Auth.sc)\r"
Está tratando $(sed -n '/^secret=/s///p' ~/.Auth.sc) como uma variável expect, que na verdade não é.
Então, tente fazer isso, ou seja, escapar de $ ( )
send "/usr/local/bin/authtool --totp --base32 \$\(sed -n '/^secret=/s///p' ~/.Auth.sc\)\r"
Ou tente usar os backticks.
send "/usr/local/bin/authtool --totp --base32 'sed -n '/^secret=/s///p' ~/.Auth.sc'\r"