O muxer do segmento do FFmpeg faz isso.
ffmpeg -i in.wav -c copy -f segment -segment_time 60 out%d.wav
Isso criará out0.wav, out1.wav, out2.wav
..., a cada 60 segundos.
Se sua entrada for PCM bruto, em vez de WAV / AIFF, você precisará definir manualmente os parâmetros de entrada, por exemplo, ffmpeg -f s16le -channels 2 -ar 48000 -i in.pcm ...