Primeiro, instale o imagemagick:
sudo apt-get install imagemagick
Em seguida, na pasta de imagens, faça algo como:
convert *.png out.pdf
Talvez você possa fazer convert * out.pdf . (Eu não tentei este aqui). Caso contrário, você pode converter outras imagens para png primeiro e depois fazer acima. Para mais detalhes veja doc do comando imagemagick convert.