O shell analisa a linha de comando e configura o redirecionamento. Nesse caso, ele vê > FileC , configura o redirecionamento correspondente e remove esses termos do comando: então, o que acaba sendo executado é
command FileA FileB
command em si nunca vê a parte > FileC .
Veja Quais são os operadores de controle e redirecionamento do shell? para detalhes sobre o redirecionamento em geral.