O Nautilus usa URIs para marcadores. O arquivo está localizado no seu diretório pessoal:
~/.gtk-bookmarks
Adicione esse arquivo ao Ubuntu One e você deve ser bom com os locais. As senhas são armazenadas em senhas e chaves e podem ser sincronizadas com um servidor de chaves. Ou você pode comentá-los no arquivo acima.
Exemplo:
ftp://{userid}@ftp.site.com/ {Comment}