O único erro sobre arquivos que xargs pode lançar é que não encontrou o executável, rename neste caso. Todo o resto sobre arquivos tem que vir do programa que xargs roda.
Um script de shell pode usar o comando cd . Mas, neste caso, o script não tem como saber qual diretório ele deve usar.
Você pode querer tentar
( cd "/media/171/" && ls -1rt | xargs rename 's/^[^\.]*(\..*)?$/our $i; sprintf("%01d$1", $i++)/e' )