Eu mesmo encontrei o mesmo problema e, depois de muitas horas de raciocínio, descobri uma solução que funciona para mim:
O problema para mim foi no dconf, então eu instalei dconf-tools
no terminal:
sudo apt-get install dconf-tools
inicie o dconf-editor
navegue até org->gnome->setting-daemon->plugins->media-keys
e altere o valor active
para true (coloque o carrapato como nesta foto )
agora os botões devem funcionar como de costume (pelo menos funcionou para mim :))