Você precisa de duas ferramentas baseadas em linha de comando, xev e xmodmap .
Você pode usar xev
para remapear uma chave, iniciar a janela do terminal e executar xev
e, em seguida, pressionar a tecla cujo comportamento você deseja alterar. No seu caso, a tecla alt . xev
mostrará informações sobre a tecla alt . como:
state 0x18, keycode 131 (keysym 0xffe9, Alt_L), same_screen YES,
XKeysymToKeycode returns keycode: 108
Você pode usar xmodmap
para trocar duas chaves.