Por padrão, o Wubi não instala em uma partição diferente. Ele cria um arquivo "disco rígido" virtual dentro de sua unidade de armazenamento principal (normalmente C :), a partir do qual ele executa o Ubuntu.
Se você o instruiu intencionalmente a criar esse disco em uma partição separada da sua unidade, pode ser que o Windows esteja tendo problemas para interagir com ele. Você pode acessar a carta da partição do Windows (especificamente, o diretório Wubi, que é X: / ubuntu, onde X é a respectiva letra de unidade)?
Se você simplesmente confundiu a função do instalador do Wubi, então eu não tenho certeza. Pode ser um arquivo .iso corrompido ou talvez um incompatível (não tenho certeza se um .iso de 64 bits do Ubuntu pode ser instalado em um sistema Windows de 32 bits, por exemplo). Também pode ser que, por alguma razão, o Wubi não tenha instalado o bootloader do grub2 (o bootloader que aparece depois que você seleciona o Ubuntu após o boot) corretamente.
Se eu fosse você, acabaria de desinstalar o Ubuntu através do Painel de Controle ou executando o Wubi novamente (ele deve solicitar a desinstalação) e reinstalá-lo, certificando-se de que ele esteja na mesma partição da instalação do Windows. / p>
edit - Também pode ser que seu disco rígido esteja excessivamente fragmentado (embora isso seja improvável). Se nenhuma das soluções acima funcionar, a execução da ferramenta de desfragmentação do Windows após a instalação pode ajudar.