Mantenha as configurações longas do template ou apenas as partes alteradas?

Question

Muitos programas no Linux / Unix vêm com um enorme arquivo de configuração de auto-documentação. Aqui alguns exemplos:

Configuração do servidor web Apache: mais de 500 linhas longas.
Configuração do PHP: mais de 1900 linhas longas.
Configuração do servidor proxy do Squid: quase 8000 linhas longas.

Ao editar esses arquivos, é melhor excluir a parte não modificada ou deixá-la no lugar? Considere esta questão no contexto de controle de versão, provisionamento automatizado e manutenção contínua.

Vantagens de deixar o arquivo como um todo:

• O arquivo é facilmente pesquisável e novas edições não relacionadas são fáceis de fazer

Vantagens de separar o arquivo para as partes efetivas e alteradas:

• Alterações personalizadas são mais fáceis de encontrar
• O tamanho geral do arquivo é menor
• Com novas versões do programa e configuração alterada, não realizamos documentação desatualizada e incorreta

Depois, há também uma terceira possibilidade de alguns programas, por ex. NGINX estão sugerindo. Você obtém uma configuração padrão e você deve copiar + renomeá-la para a configuração efetiva. Isso permite que você retire a configuração efetiva de toda a confusão, preservando a configuração padrão como referência.

Essa pergunta pode parecer baseada em opinião, mas na verdade estou procurando duas coisas objetivamente quantificáveis:

1. Existem outras vantagens e desvantagens que eu não levei em consideração?
2. Qual é o padrão de fato no setor, se houver? O que recomendam os mantenedores do popular software para servidores?