Em vez de uma tarefa cron, como uma medida de tempo curto, diga ao sistema operacional para proteger esse arquivo.
Faça:
sudo chattr +i /etc/proftpd.d/50-plesk.conf
Obviamente, como os comentários lhe dizem corretamente, o dever do Suporte da Plesk seria dizer a você como resolver isso, ou dar a você uma correção de software.