Não tenho muita certeza, mas acredito que isso foi perguntado nos fóruns do Ubuntu também. Tanto quanto eu poderia dizer a partir das respostas, isso não é bem possível. O que você pode fazer, no entanto, é copiar seu / home / user (onde "usuário" é seu nome de usuário) para sua partição Windows e instalar um novo Ubuntu junto com o Windows. Em seguida, copie o conteúdo da partição do Windows e você terá uma instalação do Ubuntu quase idêntica à sua instalação do wubi. As únicas coisas que você notará que estão faltando são os programas que você instalou. Você pode reinstalá-los e eles terão exatamente a mesma configuração de antes.