Eu posso ver duas opções,
- Execute o serviço como um usuário diferente, mas use recursos. O
root
foi dividido em muitos recursos, se o serviço for bem escrito (não tenta necessariamente fazer segurança, mas permite que o kernel faça isso), então deve funcionar com recursos. - Use listas de controle de acesso a arquivos, com padrões, para que o outro usuário seja adicionado com permissões de leitura (talvez de gravação).
Veja Quais são as diferentes maneiras de definir permissões de arquivo, etc. no gnu / linux para obter uma lista de maneiras o Linux moderno faz permissões.