De acordo com um Google rápido, este problema já foi adicionado ao Repositório de Gerenciador de Fontes no Github (veja aqui: Layout : cobrir a barra lateral esquerda do lado direito quando muito pequena )
Na verdade, parece estar relacionado a um "GTK + Issue kinda Thingy que pode não ser um problema nos olhos do GTK + Devs"
Assim como escrito no Github Issue, acho que sua melhor opção é esperar e lidar com isso. A menos que você tenha acesso ao código de código e saiba como codificar.