Solução fácil que funciona no meu caso: o Audacity salva um arquivo de bloqueio do processo em /var/tmp/audacity-<username>
chamado audacity-lock-<username>
. A exclusão desse arquivo me permitiu iniciar outra instância de audácia.
Deixando esta resposta para ajudar outras pessoas com problemas semelhantes, sugerindo que procurem arquivos de bloqueio. Ainda está interessado em outras opções para esse tipo de problema, se o programa em questão não usar um arquivo de bloqueio e se referir à tabela de processos atual do sistema (sem verificar zumbis), por exemplo.