O problema indicado na questão é o chamado "bug de persistência da área de transferência", que é descrito, por exemplo, no Wiki do Ubuntu .
A melhor solução para o Gnome 3 é instalar a extensão Gnome do Indicador da Área de Transferência, que está disponível no seguinte link: Clipboard Indicador .
Se você estiver no Ubuntu, preste atenção que desde a versão Ubuntu 18.04 seus usuários podem instalar extensões do Gnome diretamente do Ubuntu Software Center digitando no campo de busca da frase do aplicativo: "Extensões do Gnome", por exemplo: