Eu não entendo completamente seu problema específico, um simples sed pode alcançar o que você está mostrando:
$ sed 's/\ballow\b/not/g' afile
<Directory />
words
not
bus
O \b protege para substituir apenas palavras, como allow , pela string not . Se você quiser excluir linhas que contenham a string allow , você pode usar sed para fazer isso também:
$ sed '/\ballow\b/d' afile
<Directory />
words
bus
</Directory>