Espero que você configure o proxy em seu telefone usando o painel de configuração WiFi. Ao configurar o proxy, você não pode enviar todos os dados do aplicativo por meio desse proxy de encaminhamento. (E mais recente versão android mostra aviso sobre isso, como eu me lembro). Não é assim que o proxy forward do squid funciona. isso funcionará para navegação simples na web, onde o navegador fala diretamente com o proxy. Mas quando se trata do nível de aplicativo, eles têm mais liberdade para decidir como se conectar à Internet. Se você realmente precisa enviar o tráfego do whatsapp através do proxy, tente usar o proxy transparente do squid + combinação de proxy SSL e redirecionar o tráfego do whatsapp usando DNS ou iptables.