Com a ajuda de um colega de trabalho, eu encontrei a fonte do problema (erro do usuário) e consertei (excluindo e apropriadamente reinstalando o Atom).
TLDR: Certifique-se de seguir todas as instruções de configuração do Atom antes de instalar o Atom através do Gerenciador de software. Se você não fez isso, talvez seja necessário desinstalar / configurar / reinstalar.
O que fiz de errado: Eu não entendi as instruções de instalação do Atom e não configurei adequadamente o Gerenciador de software antes de instalar, sob a falsa suposição de que a instalação por meio do Gerenciador de software era um balcão único.
Como consertei: Eu apaguei o Atom e re-instalei após seguindo o prático passo a passo de configuração do Debian / Ubuntu no instruções de instalação Atom . Em retrospecto, isso parece dolorosamente óbvio, mas vindo do Windows eu estou acostumado a instaladores abrangentes e atualizações automáticas, e não entendi o propósito do processo de configuração.
Ao reinstalar depois de configurar corretamente, os comandos do shell funcionaram corretamente imediatamente.
Por que não funcionou na primeira vez: Evitarei o código de copiar e colar aqui (consulte a página de instalação vinculada acima), mas resumirei caso os conceitos sejam úteis para alguém. As instruções de configuração que o Atom fornece dizem ao seu sistema onde procurar pelo repositório oficial (e atualizado) dos arquivos Atom, para que ao instalar o Atom ele seja configurado corretamente.
Não tenho certeza porque a instalação inicial do Atom não funcionou corretamente. Provavelmente, o repo Gerenciador de Software foi apontado para fora da caixa estava incompleto, desatualizado ou de outra forma buggy.
Se os outros tiverem uma solução melhor, por favor poste - essa abordagem me obrigou a começar de novo na configuração do editor, o que não foi ótimo.