Bem, para iniciantes, sua partição raiz DEVE conter '/', '/ bin', '/ sbin', '/ lib' e '/ etc'. Você não pode colocá-los em uma partição separada, pois todos eles são necessários durante o processo de inicialização antes que outros sistemas de arquivos sejam montados. (embora você possa fazer algumas coisas complicadas com o initrd para contornar isso, mas será uma dor quando você quiser executar alguma tarefa simples como modificar seu fstab)
Depois disso, se você quiser colocar os outros diretórios em outras partições, você pode. Mount bind é o método mais limpo de fazer isso como se você estivesse ligando simbolicamente, e alguma tarefa quer olhar para o espaço livre em / usr, ele irá consultá-lo, apenas para obter o espaço livre na partição root. Embora eu não saiba de nada que possa fazer isso, a solução é menos propensa a problemas que o symlinking.