Para começar, como você tem root access, recomendo que você compile e crie anaconda em /opt e não em seu diretório pessoal.
O que você está efetivamente fazendo é definir a variável PATH como sendo igual a essa lista de diretórios e PYTHONPATH como sendo igual àquele diretório onde os anaconda executáveis estão causando o seu problema.
Para obter o que você deseja, uma maneira melhor é tornar-se root e, supondo que seu shell seja bash :
export PATH=/home/dpa/anaconda3/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/dpa/anaconda3/lib
export PYTHONHOME=/home/dpa/anaconda3
bash
Isso define o caminho e a biblioteca para procurar nos diretórios que contêm o anaconda python e suas bibliotecas e bash inicia uma nova sessão. Você pode adicionar o comando python a crontab .
Se você for executá-lo como root , não precisará do su - e também será melhor executá-lo no crontab de root do jeito que você o tem, PYTHONPATH e PYTHONHOME estão definidos no ambiente do usuário e não no root .
Se for melhor, você pode colocar tudo em um script e adicionar o próprio script em crontab .
Mais uma vez, recomendo instalar o anaconda em /opt e não no diretório pessoal do usuário.