Se o usuário não tiver permissões para o arquivo, o usuário não poderá copiá-lo para home ou em qualquer outro lugar. Se o usuário tiver permissões de execução no diretório, o usuário poderá entrar no diretório e ls -l do arquivo, mas ainda não será possível copiá-lo.
Se você quiser ter mais proteção, como root , você pode navegar para opt , por exemplo, e criar outro diretório abaixo dele, remover a permissão de execução para others desse diretório e em seguida, crie ou coloque o arquivo dentro. Dessa forma, o usuário nem poderia entrar no diretório ou até mesmo ver detalhes sobre o arquivo. A única pegadinha é que, se descobrirem o nome dele, poderão ver que existe, mas não conseguirão copiá-lo ou ler seu conteúdo, o que você deseja.