Se os dois arquivos estiverem localizados no mesmo sistema de arquivos (ou seja, não em duas partições diferentes), você poderá criar um arquivo como um link físico:
ln /path/to/one_file /path/somewhere/other_file
Depois de fazer isso, /path/to/one_file e /path/somewhere/other_file são dois nomes para exatamente o mesmo arquivo. Se você excluir um, o conteúdo ainda estará disponível através do outro nome.
Isso funcionaria enquanto um programa não desvincula um dos arquivos e o recria.
Da mesma forma, você pode criar um link simbólico de um nome para o outro:
ln -s /path/to/one_file /path/somewhere/other_file
Nesse caso, é /path/to/one_file que contém os dados reais, enquanto /path/somewhere/other_file é apenas um "ponteiro" (link simbólico) para ele.
Isso não requer que os dois caminhos estejam no mesmo sistema de arquivos, mas se um programa desvincular o link simbólico e o recriar como um arquivo, a associação será interrompida, assim como para hard links.