Ocorreu um problema ao criar o arquivo de entrada de texto para o executável Linux

Question

Estou executando o Ubuntu 16.04.4. Eu tenho um executável que leva entradas de condição inicial de um arquivo de texto, executa cálculos e gera um arquivo de saída. Eu quero executar cálculos para um grande número de condições iniciais, então eu escrevi um script python (python 3.5.2 em execução no Spyder 3) para criar o arquivo de entrada, executar o executável e ler nas saídas.

O script parece criar o arquivo de texto de entrada muito bem, mas o executável não reconhece o arquivo de entrada a menos que eu abra primeiro o arquivo de entrada, faça algum tipo de alteração, salve e feche-o. Por exemplo, posso abrir o arquivo, excluir um caractere, substituí-lo pelo caractere original, salvar e tudo funciona. Isso, obviamente, anula o propósito de automatizar o processo. Quaisquer pensamentos sobre a causa?