Antes de fazer qualquer coisa, faça o backup de /home .
O Kubuntu parece usar um instalador pelo menos baseado no Debian. Você provavelmente pode definir uma opção para usar sua partição home atual como está e não formatá-la.
Aqui está o problema principal.
Os nomes de usuário do Linux são resolvidos para um número UID. (0 é raiz). Usuários normais começam em 1000 e seguem seu caminho.
Digamos que você conecte uma unidade flash formatada em Linux (Ext2 / 3/4 por exemplo), copie arquivos para ela como seu usuário atual e, em seguida, abra-os em outro sistema Linux. Se um usuário local com o mesmo ID não existir no outro sistema e você não estiver conectado como o mesmo usuário local, os arquivos não poderão ser acessados, a menos que você seja root. Se você listar arquivos em que um usuário não existe ou não foi criado, você verá apenas o número do UID em coisas como ls , etc.
Portanto, isso pode criar problemas para a parte do processo de configuração que configura um novo usuário. Ele verá arquivos em um local que deseja configurar um novo usuário /home/someuser . Não tenho certeza do que vai acontecer. Eu duvido que os arquivos sejam excluídos, mas você pode encontrar outros problemas. Provavelmente nada muito difícil de corrigir, mas não 100% de certeza.
Provavelmente, será OK se você selecionar um nome de usuário diferente e, em seguida, poderá fazer login como root e apropriar-se dos arquivos / copiá-los de volta.
Se você estiver reinstalando o sistema operacional de qualquer maneira, você deve fazer o backup de /home , e você pode fazer a coisa mais segura e copiar os arquivos depois de deixar o instalador recriar e reformatar todas as partições.