É o seu emulador de terminal que está "comendo" suas chaves, porque não há nenhuma representação / escape conhecida para elas com as quais elas possam ser enviadas para o programa em execução no terminal.
Shift-Tab geralmente é mapeado para "\ e [Z" (kcbt / kB / tecla de tabulação, veja terminfo (5)), e é isso que o tmux está vendo para Shift-Tab e Control-Shift-Tab ; mas isso não importa, porque o tmux (aparentemente) não é capaz de ligar as seqüências de chaves arbitrárias aos comandos, mas apenas as chaves 'padrão' que ele conhece.
Com isso em mente, você pode configurar o urxvt para remapear Control-Tab e Control-Shift-Tab para 'Control-b n' e 'Control-b p' (as chaves padrão para a janela next / previous no tmux)
$ cat | xrdb -override
URxvt.keysym.ISO_Left_Tab: string:$ cat | xrdb -override
URxvt.keysym.ISO_Left_Tab: string:%pre%2n
URxvt.keysym.Control-ISO_Left_Tab: string:%pre%2p
! disable the built-in control-shift
URxvt.iso14755:false
^D
2n
URxvt.keysym.Control-ISO_Left_Tab: string:%pre%2p
! disable the built-in control-shift
URxvt.iso14755:false
^D
"\ 002" é ^ B ou Controle-b; você deve alterá-lo se usar outro prefixo de chave no tmux (por exemplo, "\ 001" para ^ A).
Observe também que no seu servidor X, Shift-Tab pode não ser mapeado para ISO_Left_Tab; use xev (1) para ver quais chaves está realmente enviando.
Se isso funcionar, você poderá adicionar essas linhas a ~/.Xresources
- e certificar-se de que o arquivo seja carregado a partir dos scripts de sessão X (o que pode não ser adequado em desktops modernos!).