Infelizmente, parece que não há absolutamente nenhuma maneira de atualizar bancos de dados rpm dessa maneira. Embora a limpeza e a reconstrução completas não sejam possíveis (não reconhecerão nenhum pacote), somente a reconstrução com base nos pacotes atuais manterá essas opções de db defeituosas. Eu não vou alterar manualmente esse db, então eu vou ficar com isso