Usar a configuração padrão do Apache só vai te levar até aqui. Se você quiser hospedar mais de um site, precisará se envolver com as configurações dos hosts virtuais.
Na minha opinião, ao invés de remover arquivos em todo o lugar ou até mesmo ligá-los, eu optaria por apenas alterar a configuração para que o Apache no Ubuntu analise as versões do Windows.
E isso é simples. Edite /etc/apache2/sites-available/default
como root e altere DocumentRoot
para seu novo caminho. Você também precisará editar a tag de abertura <Directory /var/www/>
. Em seguida, faça uma reinicialização simples e carregue a nova configuração.
sudo /etc/init.d/apache2 graceful
As permissões ainda são importantes, então você ainda precisa ter certeza de que montou as coisas da maneira correta, de acordo com o comentário de Jaroslav: