sem qsub, eu corro o trabalho como:
python3 ./runspr_new2.py --SCF
onde o --SCF
é definido em runspr_new2.py:
parser = argparse.ArgumentParser(description="generate and run sprkkr input",
formatter_class=RawTextHelpFormatter)
parser.add_argument("--SCF", help="SCF Calculation; SCF.inp must pre-exist", action='store_true')
Agora, eu defini o código qsub como:
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=24
#PBS -q default
#PBS -N FeRh_RUN
#PBS -e test2.err
#PBS -o test2.out
#PBS -l walltime=10:00:00
echo PBS JOB id is $PBS_JOBID
echo PBS_NODEFILE is $PBS_NODEFILE
echo PBS_QUEUE is $PBS_QUEUE
cat $PBS_NODEFILE
export I_MPI_FABRICS=shm:tmi
cd $PBS_O_WORKDIR
#python3 /runspr_new2.py --SCF # giving argparse option directly
#python3 /runspr_new2.py # giving argparse option in qsub -F "--SCF" as in documentation
#bash runscf.sh # define another bash with the python3 line
Infelizmente, nenhum deles está funcionando.
Além disso, não está escrevendo nada em test2.err
.
Então, existe alguma maneira de enviar trabalhos usando o argumento qsub com argparse?
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