Como você atomicamente move o conteúdo de um arquivo e o anexa a outro arquivo, por exemplo. mover o e-mail para fora de /var/mail/$USER e anexá-lo a ~/mbox ? Eu incluí um ponto de partida sugerido abaixo:
chattr +i /var/mail/$USER
cat ~/mbox /var/mail/$USER > ~/mbox~
mv ~/mbox~ ~/mbox
cat /dev/null > /var/mail/$USER
chattr -i /var/mail/$USER
A solução deve considerar incidentes como falhas de energia e outros processos acessando os arquivos no pior momento possível. A intervenção da raiz pode ser desconsiderada por razões óbvias.