Tente isso, mas remova o -i da primeira vez para ter certeza de que funciona:
var='echo rand(1, 10);' # dummy code, change to whatever.
sed -i 's/<? php '"${var}"' ?>//' *.php
Notas:
- O código em
$varé considerado uma linha única. - Se o código contiver qualquer% de aspas simples
', escape-as assim\'. - O texto acima supõe que a variação de espaço em branco não é um problema, mas geralmente pode ser.