cd $3 && $1 $2
não é um programa que pode ser chamado. Você precisa
Running_In_New_Xterm=exec xterm -hold -e bash -c "cd $3 && $1 $2"
ou (com cotação, se os argumentos exigirem isso; -a blah -o blahblah
provavelmente não deve ser citado)
Running_In_New_Xterm=exec xterm -hold -e bash -c "exec cd '$3' && exec '$1' '$2'"