Como já foi dito nos comentários, sua partição Linux está sendo corrompida e você deve fazer um backup o mais rápido possível.
Sobre a razão para isso, é possível que seja por causa do Windows 10. Eu ouvi vários casos de Win10 corrompendo a partição Linux em uma máquina de inicialização dupla. (Relacionado: Iniciar o Windows corrompe partições ext4 ) Isso também explicaria porque o Win10 a partição não é afetada.
Uma solução para isso seria colocar a partição Linux offline do Win10 via diskpart
, como explicado nesta resposta: link