arquivo não acessível pelo script sh

Question

Estou enfrentando um grande problema ao executar meus scripts. Eu estou fazendo simulações usando um script de shell, mas me dá o erro de que o arquivo não existe ou não está acessível. Os arquivos estão presentes no local determinado. Estes são pesquisados no terminal e também são abertos através do terminal com o editor de texto vi . Tentando se exercitar por muitos dias. Esta é uma parte do script que estou usando.

#!/bin/bash

# Set some environment variables 
FREE_ENERGY=/home/Downloads/Free_Energy
echo "Free energy home directory set to $FREE_ENERGY"

MDP=$FREE_ENERGY/MDP/EM
echo ".mdp files are stored in $MDP"

LAMBDA=0

# A new directory will be created for each value of lambda and
# at each step in the workflow for maximum organization.

mkdir Lambda_$LAMBDA
cd Lambda_$LAMBDA

#################################
# ENERGY MINIMIZATION 1: STEEP  #
#################################
echo "Starting minimization for lambda = $LAMBDA..." 

mkdir EM_1 
cd EM_1

# Iterative calls to grompp and mdrun to run the simulations

gmx grompp -f $MDP/EM/em_steep_$LAMBDA.mdp -c $FREE_ENERGY/Methane/methane_water.gro -p $FREE_ENERGY/Methane/topol.top -o min$LAMBDA.tpr

mdrun -nt 2 -deffnm min$LAMBDA

sleep 10

Eu tenho uma pasta principal FREE_ENERGY em meus downloads. Tem o subdiretório MDP que contém a pasta EM e todos os arquivos necessários estão lá. Mas o script falha. Por favor me ajude a sair dessa situação.