Em suma, sim, a alteração do conteúdo existente em um instantâneo requer que o LVM copie o conteúdo, o que diminui a velocidade das gravações.
No entanto, isso acontece independentemente do sistema de arquivos usado porque o LVM opera na camada de bloco e, portanto, não tem conhecimento do sistema de arquivos.
Quanto a saber se você deve manter os instantâneos por apenas um curto período, isso realmente depende do que é melhor para o seu caso de uso.