Não, não há cliente ou método de sincronização local. No momento, tudo o que você pode usar é o website e o método de upload.
Eles têm uma seção de desenvolvedor em seu site: MEGA - Desenvolvedores - Kit de desenvolvimento de software MEGA Dê um pouco de tempo já que este site tem menos de 1 dia e deve ser possível criar algo como U1 / dropbox para este site.