Aqui está um script de bash
que acessa os diretórios da sua pergunta:
#!/bin/bash
# cd to /rMDD
cd /rMDD || exit 1;
for dir in participant*; do
echo mv "$dir"/{*structural*.nii,Struct/};
echo mv "$dir"/{*functional*.nii,Funct/};
done;
Remova as palavras-chave echo
quando tiver verificado que faz o que você deseja.