Não consigo reproduzir ou ver problemas com o seu script, embora possa estar faltando alguma coisa.
Primeiramente, garanto que o problema está na verdade com essa parte do seu bashrc. Execute "echo $ PS1" para verificar se o prompt está sendo modificado em outro lugar. Para ter certeza, veja se o problema ainda ocorre após a execução:
bash -noprofile -norc
PS1='${debian_chroot:+($debian_chroot)}\[3[01;32m\]\u@\h\[3[00m\]:\[3[01;34m\]\w\[3[00m\]\$ '
PS1="\[\e]0;${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h: \w\a\]$PS1"
Se o problema ainda estiver presente, o culpado pode ser o seu emulador de terminal. Verifique se o valor de '$ TERM' está correto para o emulador de terminal que você usa e tente usar um diferente. Você também pode tentar reinicializar o terminal e definir PS1 manualmente. Supondo que você esteja usando o xterm:
TERM=xterm
tset $TERM
PS1='${debian_chroot:+($debian_chroot)}\[3[01;32m\]\u@\h\[3[00m\]:\[3[01;34m\]\w\[3[00m\]\$ '
PS1="\[\e]0;${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h: \w\a\]$PS1"