Acredito que você precisa clicar na pequena seta branca ao lado do ícone do iniciador.
Espero que seja isso que você está procurando.
Recentemente eu fiz uma instalação limpa do 12.04 (Ubuntu) em vários PCs e nem um único é capaz de alternar entre as janelas abertas de um programa no Unity da maneira que você poderia em 11.10 (clicando duas vezes no launcher). Isso é um bug ou um recurso?
Acredito que você precisa clicar na pequena seta branca ao lado do ícone do iniciador.
Espero que seja isso que você está procurando.