O erro é devido a algum tipo de método de escape incorreto nos scripts shell do serviço freebsd. Ele tenta su -c 'sh -c "..."'
quando você especifica um usuário específico para executar um serviço como, e o mysql parece causar problemas com isso.
Eu entrei no /usr/local/etc/rc.d/mysql-server
e comentei a linha 54 mysql_user="mysql"
e mudei a linha 55 para mysql_limits_args="-e"
e agora o mysql é iniciado corretamente porque o código mencionado acima não é executado.
Não faça isso em sistemas que permitam qualquer conexão pública com o banco de dados! Se alguém encontrar um exploit de execução remota de código, então você está realmente ferrou porque o mysql está rodando como root agora, então os atacantes podem ler / escrever em qualquer arquivo em seu servidor! Usá-lo em localhost para ntopng deve ser seguro, porque nenhuma conexão externa maliciosa pode chegar a ele, mas ainda assim, não é uma boa idéia.