Acho que você está se referindo ao comportamento padrão no Unity. Unity usa um menu global (aquele que você vê no topo) similar ao que é visto no OSX.
Sevocêquiser,issopodeserdesabilitadoemseuaplicativo,masachoqueissonãoémuitorecomendado:qualquerumqueuseoUnityesperaqueomenunãoapareçanajanela,masnotopo.
Emrelaçãoàcaixadeentrada,euachoquepodeserumproblemacomotemadoUbuntu.Paraverificar,tentealterarotemadoUbuntu(em"Configurações do sistema" - > "Aspecto") e veja se a caixa permanece a mesma.
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Eu estava curioso e olhando para o código, parece que o problema está no seu aplicativo. Isso parece corrigir o problema (Não consigo inserir uma nova linha nessa caixa, mas não posso dizer se isso é normal ou um bug). Esses valores (100, 200) foram selecionados aleatoriamente, então essa pode não ser a melhor maneira de resolver isso.