sudo conda não executará necessariamente /root/.bash_profile , mas sim sua conta original, a menos que a /etc/sudoers option always_set_home esteja definida.
Isso ocorre por design: ele permite que vários administradores no mesmo sistema tornem-se root e ainda mantenham suas preferências de ambiente de shell pessoal.
Além disso, como sudo sempre redefine a variável de ambiente PATH para um valor padrão padrão antes de executar o comando como o usuário de destino, sua configuração PATH como o usuário original não será preservada em sudo .
Nesse caso, você desejará que o comando sudo defina HOME=/root antes de executar o comando conda usando o shell, para que a configuração PATH em /root/.bash_profile tenha efeito e conda também encontre seus outros arquivos de configuração:
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$HOME/.condarcfile -
$HOME/.conda/directory -
$HOME/.continuum/directory
Para isso, execute sudo -H conda ou sudo -i conda em vez de apenas sudo conda .