A função de um atalho do Windows está apontando para um arquivo que está em outro local do ponto de vista do Windows; Assim, a menos que o arquivo também resida no diretório compartilhado, você não poderá nem vê-lo do ponto de vista do Linux.
Obviamente, os binários do Windows podem vê-lo e abri-lo, pois, do ponto de vista deles, eles entendem os atalhos do Windows e podem ver e acessar todo o sistema de arquivos do Windows.
Se você quiser ver o arquivo do Linux, a solução mais fácil é mover o arquivo para o qual o atalho do Windows aponta, para o diretório compartilhado e acessá-lo diretamente.